Самое первое упоминание об Амстердаме датируется 27 октября 1275 г., когда граф Флорис V освободил от уплаты мостовой пошлины жителей рыбацкого поселения, построивших мост с дамбой на реке Амстель. В тексте этого документа: "homines manentes apud Amestelledamme” - люди, живущие около дамбы на Амстеле - впервые используется название "Амстердам”, которое к 1327 г. стало писаться как Aemsterdam. Местное предание гласит, что город был основан двумя фризскими моряками, приставшими к берегам Амстеля на маленькой лодке с собакой. Как бы то ни было, по сравнению с другими голландскими городами, такими как Роттердам и Утрехт, происхождение Амстердама считается относительно недавним.

Амстердам получил право называться городом в 1300 или 1301 гг. С 14 века Амстердам процветал, в основном благодаря торговле с городами Ганзейской Лиги. С тех пор, как в 1345 г. возле улицы Калверстаад (Kalverstraat) произошло чудо Евхаристии и вплоть до перехода в протестантскую веру, Амстердам оставался важным для паломников городом. Штилле омганг (Stille Omgang)- безмолвная процессия в гражданской одежде - является наследием богатой паломнической истории

В 16 столетии голландцы восстали против власти короля Испании Филиппа II и его наследников. Бунт перерос в Восьмидесятилетнюю войну, которая в конечном итоге привела Голландию к обретению независимости и к установлению протестантского кальвинизма в качестве фактической государственной религии. В 1578 г. ранее католический город Амстердам присоединился к восстанию и все его храмы были конфискованы в пользу протестантской церкви. После разрыва с Испанией Голландская Республика была известна своей относительной религиозной толерантностью, и только католики были вынуждены исповедовать свою религию тайно. Иудеи из Испании и Португалии, зажиточные торговцы из Антверпена (беженцы по экономическим и религиозным причинам из некоторых европейских стран, все еще находящихся под господством Испании),и гугеноты из Франции (преследуемые за их религию) искали убежища в Амстердаме.

17 век считается "золотым веком” Амстердама. В начале 17 столетия Амстердам стал одним из богатейших городов мира. Из его порта корабли отправлялись в Балтийское море, Северную Америку, Африку, туда, где находится современная Индонезия и в Бразилию, закладывая, таким образом, основу для всемирных торговых связей. Торговцам из Амстердама принадлежала большая часть капитала Голландской Ист-индийской и Голландской Вест-индийской компаний. Заокеанское имущество этих компаний впоследствии послужило источником образования Голландских колоний. Амстердам был самым важным пунктом для транзита товаров в Европу и являлся ведущим мировым финансовым центром. Амстердамская фондовая биржа была первой, постоянно действующей биржей.

18 и начало 19 веков характеризовались упадком развития города. Войны Голландской Республики с Англией (см. Англо-голландские войны) и Францией нанесли Амстердаму тяжелый урон. Во время Наполеоновских войн городу пришлось тяжелее всего. Однако с образованием в 1815 г. Нидерландского королевства последовало постепенное улучшение ситуации. В Амстердаме было начато возведение новых построек, с участием таких людей как, например, городской архитектор Самуэль Сафати, который черпал свое вдохновение в Париже.

Конец 19 столетия часто называют вторым "Золотым веком” Амстердама. Были построены новые музеи, железнодорожный вокзал и Концертный зал (Concertgebouw). К этому времени индустриальная революция достигла Амстердама. Был прокопан Амстердамско-Рейнский канал, чтобы напрямую соединить Амстердам с Рейном, и Североморский канал, чтобы кратчайшим путем соединить порт с Северным морем. Оба проекта существенно улучшили сообщение города с остальной Европой и со всем миром. В этот период Джозеф Конрад дает краткое описание вида Амстердама с моря в "Зеркале моря” (1906г.). В 1924 г. римская католическая церковь Нидерландов проводит в Амстердаме Международный конгресс Святой евхаристии, и множество католических прелатов съезжаются в город, в церквях и на стадионах поводятся многочисленные празднования. Однако публичные шествия католических верующих по городу были в то время все еще запрещены законом.

Незадолго до Первой мировой войны город начал расширяться, строились новые пригородные районы. Во время войны Нидерланды сохраняли нейтралитет. Амстердам страдал от нехватки пищи, сократились поставки топлива. Такое положение вызывало беспорядки, в ходе которых было убито несколько людей.